Eu estava ouvindo novamente as duas gravações e percebi algo interessante.
Entre as duas originais, tocando uma, e depois a outra dificilmente conseguiria distinguir entre uma e outra (por ex, em um teste cego, não acertaria qual era a primeira e qual a segunda).
Já na gravação com as duas, você percebe que algo realmente mudou em relação a outra. Aparentemente acostumamos com um som e quando há uma alteração brusca ela é facilmente sentida.
Outra coisa que percebi são as amplitudes dos dois sinais que são diferentes (o Vpp é fácil de perceber) no audacity, as barras de left/right não ficam exatamente juntas, isso talvez possa fazer com que a percepção seja um pouco diferente também (como uma sendo mais baixa que a outra).
Para mim são como uma nota num frete e outra uns dois ou tres fretes pra baixo no fretboard.
Bem, ai eu não consegui perceber mesmo, para mim os sinais estão realmente "afinados" em lá!
Sobre afinar os instrumentos de corda com afinadores, temos sempre que ter noção de que o temperamento do instrumento (Bach foi o grande idealizador disso tudo, com seu "cravo bem temperado") causa uma "desafinação" geral do instrumento para que ele todo fique "afinado" (é engraçado até falar isso).
Sempre quando eu afino minha guitarra pelo afinador e toco um acorde de mi maior (qualquer violão ou guitarra) eu percebo que a corda Si por exemplo, nunca está "harmoniosa" com o conjunto. Sempre parece que algo como um 1/4 ou 1/8 de tom está "desafinado".
Essa é uma percepção minha e até já li algumas entrevistas com músicos que tocam guitarra slide (onde não há qualquer impossibilidade de se tocar as notas), afirmando praticamente o mesmo, que os trastes, apesar de facilitarem a tocabilidade, desafinam o instrumento. Isso ocorre também com baixistas com baixos fretless, sopro, arco, etc, onde não temos os trastes que "travam" a afinação pelo instrumento inteiro.
Mas isso são só algumas percepções gerais da questão da afinação.
O timbre de um instrumento é uma percepção que além de ser muito mais sutil, entra a questão do gosto e musicalidade de cada um, deste modo, não se pode afirmar que componentes "mojo grade" são melhores ou piores pois vai depender de quanto a sensibilidade de cada um consegue perceber a diferença.
Enfim, é um papo que seria muito mais legal se conversado ao vivo, em um churrasco com algumas cervejas (ou refrigerantes) e guitarras!
Um grande abraço!
Eduardo