Tem um tópico na seção softwares que abrange um pouco disso que você fala (mas de outra forma).
Não é questão de padronizar o tamanho dos pads. Isso já é padronizado pela indústria. O problema está na utilização errônea de certas bibliotecas que ou não seguem o padrão ou o fazem de maneira estranha.
Primeiro deve-se prestar atenção à ilha e sua furação. Para furação a maioria dos componentes aceita 0.9 mm (0.03543 polegadas [in]). Os potenciômetros, desses pequenos, usa 1.3 mm (0.05118 polegadas), os kre´s idem. Para diodos da série 1N400X a furação é de 1 mm (0.03937 polegadas). Para as ilhas o ideal é que tenham diâmetro de 3mm (0.1181 polegadas)para os KRE´s e potenciômetros, de 2,54 mm (0.1 pol) para os 1N400X, resistores e capacitores.
Para os eletrolíticos, depende da voltagem, pois esse parâmetro é o que influencia diretamente em seu tamanho.
Como falei no outro tópico, hoje praticamente só uso uma LBR própria no eagle e trabalho com os seguintes parâmetros:
- Resistores sempre deitados, e sempre no encapsulamento 207/10. Só mudo encapsulamento ou coloco um em pé quando é absolutamente necessário.
- Capacitores cerâmicos ou poliéster de baixa voltagem (até 63V), sempre o C050-030X075. Para os com 100V o C075-032X103 e para os com mais de 100V o C102-043X133.
- Para eletrolíticos até 63V, o E5-8,5. Para os até 100V, o E5-10,5. Acima disso, só com o capacitor em mãos (os do IALL, por exemplo, para 450V, uso o EB30D).
O Resto é com o andar da carruagem (leia-se: necessidades do projeto).
O grande problema que resulta na diferença dos layouts é realmente a utilização de bibliotecas erradas ou mal feitas (vide o caso da biblioteca do LM3886 que foi feita por um cego). Mas isso é outra história.