Depende o que você quer variar no equalizador: as frequências ou a amplitude e parâmetros de cada filtro.
Se for a amplitude, substitua os resistores ligados na chave S2A (R23, R27, R31) por potenciômetros de mesmo valor.
Se for a frequência e parâmetros, experimente por potenciômetros no lugar de R24, R25, etc, que são as resistências que junto com os capacitores definem as frequências dos filtros.
Sim, o D2 é um diodo zener, provavelmente de valor perto de 9V. Ele, assim como o diodo D1, não tem funcionalidade de modificar o sinal de áudio, mas apenas de proteção na alimentação. D1 protege contra uma fonte com polaridade inversa ao do circuito do pedal e D2 protege contra tensão da fonte superior a 9V.