Bem, sou bem leigo, mas sei a resposta de algumas perguntas suas ..
eu teria que colocar a placa no percloreto?
se sobrasse espaço eu deveria cortar a placa?
Não para ambas .
a qualidade seria a mesma?
Não sei, acho que sim .
muda algo do layout de placa comum para essas placas?
Sim
eu conseguiria furar uma placa normal com uma mini furadeira?
Acredito que você consiga furar as placas de fenolite com a mini furadeira, use brocas de 1mm .. Não sei se isso se aplica a placas de fibra de vidro também .
A Protoboard, pelo que eu sei, funciona mais ou menos assim :
São vários furinhos, certo ? Separados por colunas, fileiras ... Elas estão interligadas somente na horizontal ou somente na vertical, entendeu ?