Esse diodo é de proteção contra polaridade invertida. Para ele ter se partido, algo sério aconteceu. A presença dele no circuito não influencia no funcionamento ou não do pedal, mas sim na proteção do circuito.
Como o led acende, o circuito de flip flop para o chaveamento está funcionando, e como o som da guitarra limpa está passando, os buffers de entrada e saída também estão funcionando. Pode ser um problema nos FETs de chaveamento (Q6, Q7 e Q8) ou um CI queimado, coisas essas que podem ter sido causadas pela mesma causa do diodo partido ao meio.
Tem um injetor ou seguidor de sinal? Injete o sinal diretamente em C3 e retire o sinal diretamente do terminal central do potenciômetro de volume, assim você saberá se o sinal está passando pelo circuito. Para isso, você vai ter que fazer algumas soldas no pedal. Se não tiver um injetor ou seguidor, faça um, é uma ferramenta muito útil e eu postei
aqui um projeto bacana.