Enumerei suas perguntas, fica mais fácil responder.
1 - como fazer a ligação no in e out da placa usando esses jacks
pretendo usar stereo na entrada e mono na saída. correto?
2 - Qual espessura do fio é mais plausível usar?
3 - Devo usar resistores de filme metálico ou carbono? 1/4 W?
4 - Como fazem o aterramento?
5 - Para testes de ligação dos pedais na protoboard posso usar uma fonte comum regulável de bancada que tem 800mA?
1 - eu particularmente não uso esse tipo de jack, então vou deixar para outra pessoa responder. Mas a questão do stereo e mono é que você precisa de um jack stereo para desconectar a bateria ao retirar os cabos do pedal. Se vai ser na entrada ou saída, isso é com você. E se você pretende usar somente fonte, pode usar dois mono sem problemas.
2 - não existe uma espessura correta. Ele só não pode ser muito fino para não ser muito frágil, nem muito grosso para não caber nos furos da sua placa. Eu uso um fio que tem espessura externa de cerca de 2 mm. Tem gente que gosta de usar aqueles fios rígidos de telefone.
3 - pode usar o mais barato que encontrar. 1/4 W é muito mais que o suficiente.
4 - essa pergunta é bastante importante. Conecte todos os pontos de terra entre si, tomando cuidado em evitar um loop de terra. O que seria isso? Imagine o seguinte: você conecta todos os terra do seu circuito, inclusive os dos dois jacks (vamos supor que eles são de metal). Quando você coloca o circuito em uma caixa de metal, o contato entre um jack e a caixa aterra a caixa. Então a caixa aterrada vai conectar o outro jack ao terra. Porém, ele já está conectado ao terra por um fio. Isso cria duas conexões ao terra nesse jack, uma através da caixa e outra através do fio. Isso é um loop de terra. Pode causar ruídos indesejados. Se atente a isso, todos os pontos ligados ao terra devem ser ligados apenas por um fio (ou por contato direto com a caixa).
5 - sim, sem problemas.